摩斯拉不斷挑戰怪獸，使水庫決堤成功的將怪獸逼到了對岸，但是摩斯拉拚盡了全力最終沉入了海底。在這之後，幼蟲在屋久島充分吸收了森林的能量新的摩斯拉再次誕生了。於此同時怪獸也已經重新恢複到毀滅地球時的完 全狀態，新的摩斯拉與怪獸再次交戰，他以壓倒性的力量和優勢再次將怪獸封印到了地下。此後，摩斯拉讓被怪 獸燒掉的已成荒蕪的北海道瞬間重獲綠色，並和莫兒、羅拉姐妹一起返回到了家鄉。