卡勒姆·林奇（邁克爾·法斯賓德 飾）在死刑即將執行之前清醒過來，發現他被索菲婭（瑪麗昂·歌迪亞 飾）選中，來參加一個能讓人類擺脫暴力衝動的計劃。虛擬現實機器Animus能讓用戶體驗祖先的記憶，被綁在機器上之後，卡勒姆·林奇意識到他是生活在西班牙宗教法庭時期一位刺客阿圭拉的後裔，他們尋找的是可以控製自由意誌的伊甸園蘋果。索菲婭在父親艾倫（傑瑞米·艾恩斯 飾）施加的壓力下不情願地操縱著卡勒姆·林奇回到過去尋找伊甸園蘋果在現代世界的下落，威脅著他身體和心理的健康。但在殺手同行穆薩（邁克爾·威廉姆斯 飾）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾倫有可能動機不純之後，卡勒姆·林奇開始重新考慮他的行為和動機，而人類自由意誌的命運也變得懸而未決……